Full Stack Engineer – Bioinformatics Platform (m/w/d)
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Full Stack Engineer – Bioinformatics Platform (m/w/d)
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Verantwortung
* Weiterentwicklung der modularen Plattform Loculus für genomische Daten mit Fokus auf Frontend (TypeScript/React/Astro), Backend (Spring Boot/Kotlin/Python/PostgreSQL) und REST-API-Schnittstellen
* Integration externer Tools (z.B. Nextclade) und Systeme wie Cephalopod zur Analyse und Visualisierung genomischer Daten
* Anbindung von Loculus an die ARTIC2-Sequenzierungspipeline sowie Erweiterung der Interoperabilität mit Pathoplexus für den internationalen Datenaustausch
* Entwicklung von Funktionen für dezentrale Datenkontrolle, Embargo-Management, Einreichungsportale und föderierte Abfragen
* Unterstützung des Teams bei der Einführung von Loculus/Pathoplexus auf internationaler Ebene inkl. Integration von Community-Feedback und Erstellung technischer Dokumentationen
Qualifikationen
* Erfahrung in der Softwareentwicklung, idealerweise mit Open-Source-Beiträgen
* Kenntnisse in mindestens einem Teil des Tech-Stacks: TypeScript, React, Kotlin, Python
* Sicherer Umgang mit REST-APIs, Datenbanken und Tools wie GitHub Actions
* Interesse oder Erfahrung in Bioinformatik, wissenschaftlichem Rechnen oder Data Governance
* Vorteilhaft: Erfahrung mit Docker, Kubernetes, Cloud-Infrastrukturen
* Vorteilhaft: Kenntnisse in Snakemake, Bash-Skripting oder der Entwicklung biologischer Datenpipelines
* Idealerweise Erfahrung im Public-Health-Umfeld oder in Non-Profit-Tech-Initiativen
* Sehr gute Deutschkenntnisse in Wort und S
Benefits
* Attraktive Weiterbildungs- und Entwicklungsmöglichkeiten
* Interessante und abwechslungsreiche Tätigkeiten/Projekte
* Eingespieltes und dynamisches Team
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Profil Erstellen
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